Un 29 de junio de 1880, un grupo de familias provenientes de Campo Eré, Brasil, llegó a un paraje del oriente misionero en busca de yerba mate silvestre. Al frente de ese contingente iba Aparicio Grondona, acompañado por Belamino Machado, Manuel Ferreira y Gabino Saboero, entre otros. Como ese día se celebra a San Pedro, el lugar adoptó ese nombre. Esa fecha es considerada por los historiadores como la fundación de lo que hoy es la Capital Nacional de las Araucarias.
Pero los antecedentes del lugar son más antiguos. Hacia 1850, una comunidad de aborígenes guaraníes de la tribu Cainguás se había asentado en la zona, que entonces se llamaba El Paraje. Vivían allí unos 120 indígenas que se dedicaban principalmente a la caza y la pesca.
En 1870, la tribu se dividió en dos grupos: los seguidores del cacique Fracrán y los que eligieron al cacique Bonifacio Maidana. Tras un enfrentamiento, Fracrán fue derrotado y partió hacia el oeste con los suyos.
La yerba mate tuvo un papel central en la historia de San Pedro. En 1874, con los yerbales del Paraguay clausurados a raíz de la Guerra de la Triple Alianza, el industrial Juan Goicochea encargó al brasileño Fructuoso Moraez Dutra explorar la zona en busca de nuevos manchones silvestres. Dutra convenció al cacique Maidana de sus intenciones pacíficas, sellando lo que se conoce como el pacto de la selva. Seis años después, Grondona y su grupo llegaron al mismo territorio y encontraron allí a Maidana y su tribu.
Desde esa llegada, la localidad fue creciendo de manera sostenida. En 1893 se creó el Juzgado de Paz y Registro Civil, con Adolfo Mujica como primer encargado. En 1895 se instaló la Policía del Territorio Nacional, con Ciriaco San Jurjo como primer comisario. En 1899 abrió la Escuela 18 bajo la dirección de María Luisa Pintos, y en 1904 se realizó la primera mensura del pueblo.
En 1922 se construyó la primera capilla católica. En 1942 llegó la Gendarmería Nacional y ese mismo año quedó habilitada la Ruta Nacional 14, que llega hasta Bernardo de Irigoyen. En 1958, Nicanor Primitivo Cordero —hijo del primer comisario del pueblo— fue elegido como el primer intendente constitucional de San Pedro.
Según el Censo 2010 del INDEC, la localidad tenía 31.050 habitantes. Es el único municipio de su departamento, por lo que ocupa la totalidad de su superficie, una singularidad que no se repite en ningún otro departamento de Misiones.
El municipio es conocido por sus araucarias —el pino Paraná o cury—, árbol protegido por la legislación argentina que no puede ser talado. Para su preservación se creó el Parque Provincial de la Araucaria. San Pedro alberga además otros espacios naturales de relevancia, como el Parque Provincial Moconá con sus famosos saltos, la Reserva de Biósfera Yabotí, el Parque Provincial Cruce Caballero y el Parque Provincial El Piñalito.
Con informacion de Primera Edicion.